Suomalaisilla ceskyterriereillä on todettu hyvin vähän perinnöllisiä sairauksia (kuten PRA, skottikramppi, linssiluksaatio). Perinnöllinen taipumus oletetaan kuitenkin olevan useimpiin koirilla esiintyviin vaivoihin kuten allergioihin ja sisäelinsairauksiin.
Skottikramppi:
Skottikramppia on todettu ceskyterriereillä satunnaisesti joka puolella maailmaa. Suomessakin on muutamia skottikramppia sairastavia ja kantavia koiria. Euroopassa tunnetaan useita kantajia, mutta raportointi sairaustapauksista on vähäistä.
Skottikramppi on aivoperäinen sairaus, jonka oletetaan johtuvan aivojen matalasta serotoniinipitoisuudesta. Sairaus ilmenee kohtauksittain, jotka aiheuttavat koiralle liikkumisvaikeuksia, raajojen koordinointiongelmia. Skottikramppi voi olla eri asteista; vaikeimmassa muodossa koira saattaa kohtauksen aikana menettää täysin kyvyn liikkua ja kaatuu. Kohtaukset alkavat yleensä, kun koira kiihtyy. Myös tässä on aste-eroja; toinen koira kestää voimakastakin stressiä, kun toinen saa kohtauksen hyvinkin lievästä ärsykkeestä.
Skottikramppi periytyy väistyvästi yhden geenin määräämänä.
Polvet:
Polvitarkastuksia on Suomessa tehty vuodesta 1991 alkaen yhteensä 67. Vain yksi koira on saanut virallisen arvion ”2” Putnamin asteikolla (0 = terve, 1-4 = eri asteista löysyyttä polvinivelessä). Tutkituista koirista 85 % on arvioitu polviltaan terveiksi ja 13 % koirista on rajatapauksia, toinen tai molemmat polvet ”1”. Polvinivelen kehityshäiriö, joka aiheuttaa polvilumpion sijoiltaanmenoa, on monigeenisesti periytyvä ominaisuus. Sairaus vaikeuttaa koiran liikkumista; lievänä aiheuttaa epämääräistä hyppelyä juostessa, vaikeana estää koiran liikkumista (mm. hyppimistä, kiipeilyä) ja vaatii leikkaushoitoa.
Silmät:
Virallisia silmätarkastuksia on tehty vuosina 1991-2017 yhteensä 69 kpl. Seitsemällä koiralla on todettu ylimääräinen ripsi/ripsiä. Kahdella koiralla on diagnosoitu nukleaarinen katarakta, joista toisella myös kortikaalinen katarakta. Lisäksi yhdellä koiralla on todettu iris-linssi PPM.
Lonkat:
Lonkkakuvauksia on tehty Suomessa vajaalle 30 koiralle. Tulokset ovat keskimäärin B:n ja C:n välillä. Vain kolme ceskyterrieriä on saanut lausunnon D (tulokset käsitelty huonomman lonkan mukaan), vaikea-asteisinta lonkkanivelen kehityshäiriötä (lausunto E) ei ole todettu. Käytännön ongelmia lonkkien löysyydestä johtuen ei rodulla ole raportoitu.
Muuta:
Jalostustoimikunnalle on raportoitu myös muutamasta epäillystä epilepsiatapauksesta 2000-luvun lopulla. Vähäisen esiintyvyyden takia ei voida arvioida onko epilepsiatapauksilla perinnöllistä taustaa. Jalostustoimikunta seuraa tilannetta.